全氟辛烷在传统的应用中主要用于精密电子清洗、润滑剂、绝缘液体等方面。目前，全氟辛烷作为新一代的眼科手术用重水的使用开启了其在医学用途的研究，未来在氧气递送、器官保存、组织修护等方面的可能。